Trong khi Fujimorri đang ở nước ngoài tham dự Hội nghị Thượng đỉnh Thương mại Vành đai Thái Bình Dương, các đảng đối lập đã chiếm lấy quyền kiểm soát quốc hội. Fujimori thông báo từ Nhật Bản rằng ông sẽ từ chức tổng thống. Trong một bản khiển trách Fujimori trước công chúng, Quốc hội Peru đã bác bỏ đơn từ chức của Fujimori và đã bỏ phiếu phế truất Fujimori do thiếu đạo đức. Năm 2003, di sản chính trị của Fujimori đã tan thành mây khói khi Ủy ban Hòa giải và Sự thật Peru do chính phủ bổ nhiệm đã điều tra các lạm dụng về nhân quyền trong thời nổi dậy của phong trào Sendero Luminoso đã phê phán nghiêm khắc Fujimori. Uỷ ban này đã tìm thấy các hoạt động chống khủng bố của Fujimori ủng hộ mở đường cho việc lạm dụng nhân quyền rộng rãi, bao gồm cả tra tấn và giết người mà cơ quan tình báo dưới thời Montesinos đã thực hiện.

Vì có cha mẹ là người Nhật, Fujimori được Nhật Bản công nhận là có quốc tịch Nhật vào ngày 12 Tháng 12 năm 2000. Quyền này đã bảo đảm cho ông ta không bị Nhật giao cho Peru.